南城位于东莞市中部偏西南,处城市中心区之南,东经113°46',北纬23°001'。在东江南支流下游厚街水道的东岸,东部和东城区接壤,南部与厚街镇、大岭山镇毗邻,西部和万江区隔河相望,北部与莞城相连。

南城全境南北长约12公里,东西宽约6公里,全境面积56.6平方公里。地势北低南高,东南部多山岭,峰峦起伏,地势较高,属丘陵地带,地面高度在海拔130-150米之间;西北部都是冲积平原,属东江南支流水域地带,河流纵横,地势较低。

南城东距惠州84公里,西北距广州59公里,东南距深圳99公里、距香港140公里,南距虎门29公里。地理位置优越,处于穗港经济走廊中间,莞太大道、东莞大道、宏图路纵贯全境,环城路及广深高速横越辖区,东莞轻轨R2线及在建的R1、穗莞惠城际轨道也在南城设有多个站点。